Nous avons intérêt à savoir gérer une multitude de petites collections de molécules (ligands, inhibiteurs, substrats …) ce qui est autre chose que gérer une base de données (type SGBDR). Nous allons donc examiner quelques unes de ces subtilités, et cela commence de manière très simple par les noms de molécules … on ne peut pas faire plus basique. Alors, pourquoi discuter de noms de molécules alors que tout a été dit ou presque ? En fait lorsque nous parlons de noms de molécules cela recouvre plusieurs réalités, et le choix d’un espace de noms impactera sur la suite des processus: calculs, collections de données …

Publication initiale sur buildblog.buidez.net (20134) – Article mis à jour en Décembre 2024.

1. Le grand Babel chimique

Tout d’abord nous allons faire la distinction entre un nom et différents indicateurs. Pour bien comprendre, prenons l’exemple du Triclosan, une substance connue en tant qu’anti tuberculeux et qui sert de base pour le développement d’autres molécules ou en tant que référence pour les tests d’inhibition.

Le nom usuel est Triclosan, mais il s’agit d’une molécule connue, lorsque la molécule est inconnue et qu’elle fait partie du secret des laboratoires, il n’y a généralement pas de nom usuel. Dans le cartouche de droite nous voyons la formule développée avec son atome d’oxygène qui réalise le lien entre les deux cycles (un arylether) et de données d’identification. Un nom IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry), c’est à dire une chaine de caractères normalisée qui va définir le contenu de la molécule par l’enchainement des groupements et substituants, en fait il s’agit plutôt d’une nomenclature que d’un nom. Si la molécule est connue et vendue on va également trouver un numéro d’identification dans plusieurs systèmes: notamment CAS (nord-américain) et EINECS (Inventaire Européen des Substances chimiques Commerciales Existantes), il s’agira ici plutôt d’un numéro d’enregistrement.

Des synonymes
On distingue aussi un numéro lié à PubChem, une base de donnée gratuite gérée par le NCBI (National Center for Biotechnology Information) américain, et qui recense toute une série d’informations sur un grand nombre de composés chimiques. La page PubChem du Triclosan révèle tout une série de synonymes (par exemple des noms commerciaux) et différentes identités ou numéros d’enregistrement dans différentes bases de données, soit au total 127 synonymes recensés !