Analyses (drug-design)
Une série d’articles basés sur des études de cas, entre bio-informatique structurale et conception rationnelle (drug design). L’interprétation de résultats […]
Modelisations
Exportation directe de résultats (Molegro)
Nous pouvons exporter les résultats issus du calcul, directement vers d’autres programmes, sans passer par l’interface Molegro et son explorateur
Modelisations
Conteneur de calcul (Molegro)
L’organisation des dossiers (conteneurs) de calculs suit un certain nombre de conventions qui offrent des possibilités en termes d’utilisation intensive.
Modelisations
Lancements de calculs par script (Molegro)
Le fichier script.mvdscript est important pour beaucoup de raisons, la première est que nous pouvons le modifier et lancer des
Espace de travail (Molegro)
Les fichiers workspace de Molegro et leur format MVDML ont l’air bien compliqués. En fait il n’en est rien, il
Modelisations
Relativiser les valeurs de RMSD
Cet article donne un éclairage sur la notion de RMSD et relativise son utilisation, qui correspond souvent à l’application systématique
Modelisations
Fondamentaux de l’analyse de poses
Comment analyser des poses issues d’un protocole d’arrimage moléculaire, sur la base des scores, d’une inspection visuelle et de réseaux
Mise en place d’une collection de ligands
Une collection de ligands en vue d’un processus de modélisation moléculaire, cela n’a rien à voir avec une chimiothèque. Il
Modelisations
Arborescence d’un projet (Molegro)
Nous allons explorer l’organisation projet Molegro tel que nous le pratiquons, ce qui se traduit par une arborescence type (répertoires
Modelisations
Structures représentatives, frames, pivots
Certains espaces de travail Molegro sont issus d’un processus d’analyse structurale qui va plus loin que la classification structurale nécessaire
Modelisations
Molegro en bref
Comment s’organise le travail entre modélisateurs et utilisateurs (ou clients) finaux avec Molegro ? Il y a plusieurs manières de
Utilisation de la visionneuse Molegro (MMV)
Molegro Molecular Viewer (MMV) est un programme qui permet la visualisation des résultats de docking réalisés avec Molegro. Cet outil
Aide Molegro (docking)
Une série d’articles destinés à faciliter la prise en main de Molegro qui est un outil d’arrimage moléculaire (docking). L’objectif
Modelisations, Topic
Des noms de molécules
Nous avons intérêt à savoir gérer une multitude de petites collections de molécules (ligands, inhibiteurs, substrats …) ce qui est