5. Numérotation dans un article scientifique

Maintenant dans le cas de nouvelles molécules ? Le chimiste nommera les molécules par des numéros dans les publication scientifiques. Par exemple, dans la colonne ‘Product’ (et chiffres en gras) de la table suivante (issue d’un article scientifique) :

Ces numéros sont généralement issus des voies de synthèse, c’est à dire de la succession de réactions qui à conduit au composé donné. Par exemple, si la voie de synthèse est A -> B -> C, nous avons 1 produit de départ (A), un produit intermédiaire (B) que l’on peut noter 1 et un produit final (C) que l’on peut noter 2. En d’autres termes, le chimiste essaiera d’appliquer des numéros successifs dans une même voie de synthèse. Problème: lorsque il y a des ramifications, branchements dans une voie de synthèse ou plusieurs voies dans le même article, la numérotation explose et nous voyons arriver des lettres (1a, 1b par exemple) s’il y a des substituants alternatifs pour un même squelette moléculaire, ou encore des caractères prime (1′, 2a’ par exemple).
Si nous prenons les composés 22 et 23 de la table précédente, nous constatons qu’il s’agit de la même molécules de base, la différence est que 22 porte un Chlore (Cl) la ou 23 porte un groupement méthoxy (OMe). Le chimiste aurait pu tout aussi bien les nommer 22a et 22b, 22 et 22′, etc. Autrement dit la numérotation est liée à la créativité en la matière du chimiste et aux règles fixées par les éditeurs du journal scientifique.

Les numéros ne sont uniques que pour une publication donnée
Et cette notation, logique et toute simple en apparence, va nous poser de nouveaux problèmes, car à chaque publication, le chimiste va réutiliser les mêmes numéros dans les tables, mais pour des molécules différentes ! La planche précédente est issue d’un article que nous avons publié en 2012 (Menendez & al, 2012) mais si on prends un autre article, cette fois publié en 2011 (Menendez & al, 2011) on trouvera un nouveau composé 18 dans une table (il faut cette fois regarder la colonne ‘Compounds’):

Une molécule qui n’a plus rien à voir avec celle qui sera publiée ultérieurement en 2012. Je ne discute pas sur l’identifiant de la molécule dans la base, car nous allons voir que le problème est un peu plus compliqué encore. Par contre si la molécule possède un numéro CAS, il faudra ajouter cette colonne dans la table de la base. De même si la molécule est enregistrée dans une chimiothèque, il y aura également une autre colonne potentielle dans la table, car chaque catalogue de données (CAS, Chimiothèque Nationale …) dispose de son propre système d’identification.