Scripts pour les environnements (Win-x64)
Avoir un script de lancement pour fixer les variables d’environnement lié à des outils (pas toujours installés dans des répertoires […]
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Environnements Python sous Win-x64
Par défaut on pourrait utiliser l’environnement (base) mais c’est une mauvaise idée si on charge trop l’installation par des paquetages
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Catalogues de ressources
Je regroupe ici quelques listes de pointeurs, utiles pour trouver du logiciel, des bases de données … ou pour l’histoire.
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Convertisseur scripté CSVM2SDF
Si nous disposons d’une collection moléculaire, implémentée au format CSVM, nous pouvons utiliser un convertisseur CSVM2SDF pour transformer cette CSVM
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buildez.pdb : matrices pdbm et regénération de structures
La finalité initiale du paquetage buildez.pdb est de fournir des outils pour préparer de manière robuste et automatisée des structures
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Un guide pour la collecte de molécules
Nous allons montrer ici comment réaliser une collecte de molécules, qui s’articule en deux processus: la collecte proprement dite et
Modelisations
Arborescence d’un projet (Molegro)
Nous allons explorer l’organisation projet Molegro tel que nous le pratiquons, ce qui se traduit par une arborescence type (répertoires
Modelisations
Structures représentatives, frames, pivots
Certains espaces de travail Molegro sont issus d’un processus d’analyse structurale qui va plus loin que la classification structurale nécessaire
Data, Projets
CSVM : historique et conception
À la fin des années 1990, nous avions de nombreux problèmes conceptuels liés aux ensembles de données, brutes ou finalisées.
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buildez.pdb : la matrice pdbm
La pdbm (pdb matrix) correspond à une structure de données qui regroupe des lignes ATOM ou HETATM (coordonnées moléculaires) tout
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Formats moléculaires: SMILES et radicaux
Dans le système SMILES de représentation de structures chimiques, l’expression d’un radical est assez simple en apparence, il suffit d’encadrer
Data
Projet CSVM
Le format CSVM, dérivé du CSV, développé à la fin des années 90s, permet de stocker des données tabulaires accompagnées