Aide Molegro (docking)

Une série d’articles destinés à faciliter la prise en main de Molegro qui est un outil d’arrimage moléculaire (docking). L’objectif est de comprendre plusieurs choses : travailler au mieux avec, s’approprier l’environnement, rendre des livrables utilisables par des collègues en aval … Je traite plutôt ici de l’organisation du travail, des aspects production dans un service de R&D orienté drug-design, ce n’est pas un guide exhaustif (le logiciel dispose d’une très bonne documentation) à finalité théorique.

Version 1.1 – Mise à jour mars 2025

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• Molegro en bref

  Comment s’organise le travail entre modélisateurs et utilisateurs (ou clients) finaux avec Molegro ? Il y a plusieurs manières de ...

• Arborescence d’un projet (Molegro)

  Nous allons explorer l’organisation projet Molegro tel que nous le pratiquons, ce qui se traduit par une arborescence type (répertoires ...

• Mise en place d’une collection de ligands

  Une collection de ligands en vue d’un processus de modélisation moléculaire, cela n’a rien à voir avec une chimiothèque. Il ...

• Espace de travail (Molegro)

  Les fichiers workspace de Molegro et leur format MVDML ont l’air bien compliqués. En fait il n’en est rien, il ...

• Lancements de calculs par script (Molegro)

  Le fichier script.mvdscript est important pour beaucoup de raisons, la première est que nous pouvons le modifier et lancer des ...

• Conteneur de calcul (Molegro)

  L’organisation des dossiers (conteneurs) de calculs suit un certain nombre de conventions qui offrent des possibilités en termes d’utilisation intensive. ...

• Exportation directe de résultats (Molegro)

  Nous pouvons exporter les résultats issus du calcul, directement vers d’autres programmes, sans passer par l’interface Molegro et son explorateur ...

• Utilisation de la visionneuse Molegro (MMV)

  Molegro Molecular Viewer (MMV) est un programme qui permet la visualisation des résultats de docking réalisés avec Molegro. Cet outil ...

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Ceci dit, la manière dont on travaille avec Molegro est applicable à d’autres logiciels de docking ou de modélisation. Elle s’intègre aussi dans un contexte de positive design et de cycles de développement courts et itératifs (type PDCA).