PDB : RCSB custom reports (2025)
Une analyse structurale repose sur la collecte de fichiers PDB correspondant à une protéine ou une isoenzyme cible, généralement identifiée […]
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Recherches avancées de ligands dans la PDB
Les fichiers PDB incluent différents types de petites molécules : de l’eau, des ions, des molécules organiques ou inorganiques, qui
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buildez.pdb : gestion des noms de résidus
La gestion des noms de résidus est quelque chose qui peut se révéler plus compliqué que prévu si on prends
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buildez.pdb : module fluct et calculs de fluctuations
Le paquetage buildez.pdb inclue un module fluct.py destiné à quelques mesures élémentaires de fluctuations atomiques dans les structures PDB. Les
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buildez.pdb : intersection de requêtes 3D
Cet article montre comment croiser deux requêtes simples de proximité issues des fonctions du module pdb.distance pour créer une requête
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buildez.pdb : module distance
Le module pdb.distance fournit des fonctions de base qui analysent les distances entre atomes, groupes d’atomes et résidus. Ces fonctions
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buildez.pdb : module altloc, ligands et exceptions
J’ai déjà décrit des fonctionnalités du module pdb.altloc en ce qui concerne les résidus (acides aminés) standards de protéines. Sauf
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buildez.pdb : module connect et topologie des ligands
Le bloc de connectivité à la fin d’un fichier PDB définit la topologie des ligands mais échappe à la matrice
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buildez.pdb: attributions avec le module chain
Il arrive constamment que dans les fichiers PDB, il n’y ait pas de lettre (correspondant à une chaine polypeptidique) attribuée
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buildez.pdb : module chain et ‘pseudo délétions’
Les parseurs qui fonctionnent en ‘positif’ passent sur les partie non résolues des chaines polypeptidiques, alors que nous avons vraiment
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buildez.pdb : identification de chaines polypeptidiques
Le module pdb.chain est un outil de base qui permet de lire un fichier PDB puis de créer les chaines
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buildez.pdb : matrice uniq et requêtes en aveugle
Le module residue contient une collection de fonction qui permettent les extractions/sélections des résidus (acides aminés, ligands) que l’on peut
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buildez.pdb : utilisation d’une liste de résidus
Dans le module pdb.residue nous trouvons également des fonctions qui produisent ou utilisent une reslist, généralement associée à une resmap
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buildez.pdb : la matrice resmap
Une resmap dans le paquetage buildez.pdb est une structure de données qui est utilisée essentiellement pour stocker les noms de
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buildez.pdb : matrices pdbm et regénération de structures
La finalité initiale du paquetage buildez.pdb est de fournir des outils pour préparer de manière robuste et automatisée des structures
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buildez.pdb : la matrice pdbm
La pdbm (pdb matrix) correspond à une structure de données qui regroupe des lignes ATOM ou HETATM (coordonnées moléculaires) tout
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Un module fossile: strpdbm
Les premières versions de buildez.pdb étaient écrites en Perl et utilisaient un ancêtre non typé de la matrice pdbm: la