6. Référentiel

Fonctions du module altloc.py en mode abrégé (avril 2025).
La plupart des fonction nécessitent en argument une pdbm et une resmap.

Fonction	Utilisation
pdb_altloc_atomcheck	Fonction de détection, retourne une liste de lignes (rows) d’une matrice pdbm ou le paramètre occupancy < 1.0. Utilise un indice de début et un indice de fin dans la matrice pour réduire la recherche.
pdb_altloc_pdbmcheck	Fonction de détection, dans les mêmes conditions (bloc ou tout le matrice pdbm), renvoie un tupple (hit_altloc, hit_occupancy) qui compte les atomes désordonnés.
pdb_altloc_resmapcheck	Fonction de détection, applique pdb_altloc_pdbmcheck sur toute une resmap en utilisant la pdbm correspondante.
pdb_altloc_res2conformers	Fonction d’extraction, renvoie une table de conformères pour un résidu identifié par un indice de resmap. Utilise la fonction pdb_altloc_pdbm2conformer.
pdb_altloc_pdbm2conformers	Fonction d’extraction, renvoie une liste de conformères (une liste de blocs pdbm pour chaque conformère) qui est utilisé par pdb_altloc_res2conformers.
pdb_altloc_conformers_byindice	Fonction de sélection, à partir d’une liste de conformères, marque les blocs pdbm qui correspondent à un indice de conformère.
pdb_altloc_conformers_byaltloc	Identique à pdb_altloc_conformers_byindice mais utilise une lettre (identifiant altLoc) de conformère (A, B).
pdb_altloc_conformers2pdbm	Concatène et consolide les blocs pdbm d’une liste de conformères, dans l’ordre original du fichier PDB. Utilisé par la fonction pdb_altloc_pdbm_update.
pdb_altloc_pdbm_update	Avec une pdbm et une liste de conformères, la fonction mets à jour la pdbm en fonction des conformères retenus dans la liste. Dans la pdbm, peut également enlever la lettre identifiant les conformères retenus avec pdb_altloc_pdbm_rem_altloc.
pdb_altloc_pdbm_rem_altloc	Enlève la lettre altLoc (ou le numéro) dans un bloc de coordonnées pdbm.