Catalogues : bases de données

En évitant de générer une nième page de ressources qui sera rapidement obsolète, cette liste regroupe des sources de données pérennes dans la durée et qui sont extensivement référencées dans les articles ou nos publications. Ce qu’il manque ? Beaucoup de choses, par exemple des données d’interactions moléculaires : PL (Protein-Ligand) ou PPI (Protein-Protein).

Article mis à jour en Mai 2026.

Pour les protéines

Protein Data Bank (PDB)

La PDB est notre source de structures protéiques, ligandées (avec un inhibiteur) ou non ligandées (comme une apoenzyme). Structures obtenues par différentes méthodes: RX, RMN, CryoEM … La base EC->PDB fait le lien entre la classification des enzymes (Enzyme Classification) et la PDB. Le consortium PDB regroupe plusieurs répliques continentales, par exemple Europe (PDBe) ou Japon (PDBj). La PDBe-KB est une réplique Européenne (à l’EMBL-EBI) qui ajoute aux structures des éléments de connaissances et un regroupement différent des informations.

RSCB – Protein Data Bank [ http://www.rcsb.org/ ].
EC->PDB [ https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/ ].
Protein Data Bank in Europe [ https://www.ebi.ac.uk/pdbe/ ].
PDBe-KB [ https://www.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/ ].

A propos ...

Il est possible d’accéder par lien direct à une structure si on connait son code PDB, par exemple [ https://www.rcsb.org/structure/1CRN ] pour la structure 1CRN.
Protein Data Bank [ http://fr.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank ].
Protein Data Bank [ http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank ].
European Molecular Biology Laboratory (EMBL) [ https://www.embl.org/ ].
European Bioinformatics Institute (EBI) [ https://www.ebi.ac.uk/ ].
How to cite PDB [ https://www.rcsb.org/pages/policies ].

UniProt consortium

UniProt (Universal Protein resource) est la base qui combine séquences, structures, informations biologiques, domaines protéiques … C’est la source principale pour organiser nos connaissances lorsqu’on aborde un nouveau sujet car on peut relier une protéine à toute sa famille, structurale et fonctionnelle, indispensable si nous sommes confrontés à des iso enzymes ou à des mutants.

UniProtKB [ https://www.uniprot.org/ ].

A propos ...

UniProt [ https://en.wikipedia.org/wiki/UniProt ].
How to cite UniProt [ https://www.uniprot.org/help/publications ].
UniProtKB/Swiss-Prot est la partie révisée de la base, TrEMBL est la partie qui est annotée automatiquement.

Modèles de protéines

Lorsque la structure n’est pas connue, il est possible de voir si elle n’a pas été calculée via des processus de modélisation par homologie (notamment basés sur l’IA). Il faut savoir rester critique sur les résultats, car tout va dépendre de la présence de protéines similaires au niveau structure, séquences ou motif structuraux, interactions caractérisées ou pas, processus de repliements.

AlphaFold Protein Structure Database [ https://alphafold.ebi.ac.uk/ ].
ModBase: Database of Comparative Protein Structure Models [ https://modbase.compbio.ucsf.edu/ ].
ModBase n’est plus en développement actif mais reste utile.

A propos ...

AlphaFold [ https://en.wikipedia.org/wiki/AlphaFold ].
How to cite AlphaFold [ https://www.ebi.ac.uk/training/online/courses/alphafold/accessing-and-predicting-protein-structures-with-alphafold/how-to-cite-alphafold/ ].
UCSF Salilab (ModBase, Modeller, ModPipe …) [ https://salilab.org/index.html ].
ModBase [ https://en.wikipedia.org/wiki/ModBase ].
Modeller [ https://en.wikipedia.org/wiki/MODELLER ].

Classifications structurales

Quelques pointeurs vers des sources liées à la classification structurale de protéines: motifs structuraux, domaines, familles et superfamilles, classes de repliement. Important pour comprendre une architecture ou des jeux d’interactions liés à un motif structural et qui peuvent se répéter sur une autre protéine, mais attention, toutes les protéines ne sont pas aussi ordonnées.

CATH / Gene3D [ https://www.cathdb.info/ ].
Pfam [ http://pfam.xfam.org/ ] et InterPro [ https://www.ebi.ac.uk/interpro/ ].
SCOP 2: Structural Classification of Proteins [ https://www.ebi.ac.uk/pdbe/scop/ ].

A propos ...

CATH Database [ https://en.wikipedia.org/wiki/CATH_database ].
Protein domain [ https://en.wikipedia.org/wiki/Protein_domain ].
Pfam [ https://en.wikipedia.org/wiki/Pfam ].
Structural Classification of Proteins (SCOP) database [ https://en.wikipedia.org/wiki/Structural_Classification_of_Proteins_database ].
Intrinsically disordered proteins [ https://en.wikipedia.org/wiki/Intrinsically_disordered_proteins ].

Bases agrégées

En plus de UniProt, nous avons d’autres bases (liste non exhaustive) qui agrègent de l’information avec différentes focalisations, notamment sur les activités enzymatiques, réactions biochimiques et voies métaboliques.

Expasy ENZYME [ https://enzyme.expasy.org/ ] et [ https://www.expasy.org/ ].
BRENDA [ https://www.brenda-enzymes.org/ ].
KEGG [ https://www.genome.jp/kegg/kegg2.html ].
Proteopedia [ https://proteopedia.org/ ].

A propos ...

Expasy [ https://en.wikipedia.org/wiki/Expasy ].
Enzyme Commission number [ https://en.wikipedia.org/wiki/Enzyme_Commission_number ].
KEGG [ https://en.wikipedia.org/wiki/KEGG ].
BRENDA [ https://en.wikipedia.org/wiki/BRENDA ].

Pour les ligands

Ligands et PDB

Nous pouvons faire des recherches directes de composés organiques (effecteurs, cofacteurs …) inclus dans la PDB, soit par leur identifiant (3 caractères) ou par leur structure (dessin, SMILES). Pour la programmation, il existe également des dictionnaires (Ligand Expo) qui lient l’identifiant, le nom, la formule développée (SMILES).

PDBe Chemical Components [ https://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/pdbechem/ ].
PDB Search ligands (SMILES) [ https://www.rcsb.org/search/advanced/chemical ].
Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) [ https://www.ebi.ac.uk/chebi/ ].
Ligand Expo [ http://ligand-expo.rutgers.edu/ ].

A propos ...

L’accès direct à un ligand est également possible, par exemple [ https://www.rcsb.org/ligand/TCL ] pour le TCL.
ChEBI [ https://en.wikipedia.org/wiki/ChEBI ].

Produits chimiques, ligands, drug design

Dans cette catégorie nous avons à la fois des produits chimiques et des molécules issues de laboratoires. La CSD est une base de données de structures 3D de molécules organiques. L’accès à l’information chimique (structures, bibliographie, descripteurs, synthèses, brevets …) n’est pas totalement libre, certains ressources font valoir des droits de propriété.

ChemSpider [ https://www.chemspider.com/ ] ! L’accès à ChemSpider peut être parfois bloqué.
Cambridge Structural Database (CSD) [ https://www.ccdc.cam.ac.uk/solutions/software/csd/ ].
ChemDB Chemoinformatics Portal [ https://cdb.ics.uci.edu/ ].
CAS SciFinder [ https://www.cas.org/solutions/cas-scifinder-discovery-platform/cas-scifinder ].
eMolecules [ https://www.emolecules.com/ ].
ChemIndex [ https://www.chemindex.com/ ].
Chimiothèque Nationale et CNE [ https://chembiofrance.cn.cnrs.fr/fr/composante/chimiotheque ]

A propos ...

List of Chemical Databases [ https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_chemical_databases ].
ChemSpider [ https://en.wikipedia.org/wiki/ChemSpider ].
Cambridge Structural Database [ https://en.wikipedia.org/wiki/Cambridge_Structural_Database ].
Chemical Abstracts Service (CAS) [ https://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_Abstracts_Service ].
Reaxys [ https://en.wikipedia.org/wiki/Reaxys ].
ChemBioFrance [ https://chembiofrance.cn.cnrs.fr/ ].

La base ZINC

ZINC (ZINC is not commercial) est une collection, revue et corrigée, de molécules disponibles dans le commerce et à finalité de criblage virtuel.

Zinc Docking [ https://zinc.docking.org/ ] ! L’accès peut être bloqué en 2026.
Zinc Docking v12, v15, v20., v22 (2023) ! L’accès peut être bloqué en 2026.
UCSF ZINC12 database [ https://zinc12.docking.org/ ].
CartBlanche (ZINC22) [ https://cartblanche22.docking.org/ ] ! L’accès peut être aléatoire en 2026.

A propos ...

ZINC Database [ https://en.wikipedia.org/wiki/ZINC_database ].
ZINC: IRWIN Lab [ https://irwinlab.compbio.ucsf.edu/ ].
Shoichet Laboratory [ https://bkslab.org/ ].

Pour les activités

Activités expérimentales

Pour faire la relation entre activités (liaison, biologiques) in vitro (k_d, K_M, K_i, PI ..) mises en jeu pour un ligand par rapport à une enzyme donnée. Ce type d’information peut être dans la PDB, mais ici nous avons aussi accès a l’activité de petites molécules qui n’ont pas été co-cristallographiées.

PubChem [ https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ ].
BindingDB [ https://www.bindingdb.org/ ].
DrugBank online [ https://go.drugbank.com/ ].
PDSP Ki Database [ https://pdsp.unc.edu/databases/pdsp.php ].
PDBind+ [ https://www.pdbbind-plus.org.cn/ ].

A propos ...

BindingDB [ https://en.wikipedia.org/wiki/BindingDB ].
How to cite BindingDB [ https://www.bindingdb.org/rwd/bind/info.jsp ].
PubChem [ https://en.wikipedia.org/wiki/PubChem ].
How to cite PubChem [ https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/citation-guidelines ].
DrugBank [ https://en.wikipedia.org/wiki/DrugBank ].
Ki Database [ https://en.wikipedia.org/wiki/Ki_Database ].
PDBind-CN database [ https://en.wikipedia.org/wiki/PDBbind_database ].

Nb: Liste non exhaustive qui se complète au fur et à mesure des besoins.