Un écosystème de formats chimiques
Il existe toute une variété de formats dédiés aux petites molécules organiques, avec différentes finalités : support de dessins (planches, […]
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Formats moléculaires: SYBYL Mol2 et charges formelles
Nous avons évoqué quelques particularités du format SYBYL Mol2, sans trop insister sur la prise en compte des charges, formelles
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Formats moléculaires: SDF
Ce format ultra-utilisé est un dérivé de MDL Mol, il en reprends les caractéristiques, et l’étend à plusieurs molécules dans
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Formats moléculaires: SYBYL Mol2
Le format Sybyl MOL2 peut être utilisé pour encoder des molécules organiques mais aussi des entités biologiques car il inclue
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Formats moléculaires: MDL Mol
Le format MDL/Mol est un format très utilisé pour les petites molécules organiques telles que des inhibiteurs ou des ligands.
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Formats moléculaires: SMILES
Une formule développée peut être exprimée sous une forme simple (en apparence) basée sur une chaine de caractères. Les lettres
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Formats moléculaires: décomposition de chaines SMILES
Le format SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry Specification) consiste à décrire les atomes et la connectivité d’une formule développée
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Formats moléculaires: SMILES et radicaux
Dans le système SMILES de représentation de structures chimiques, l’expression d’un radical est assez simple en apparence, il suffit d’encadrer
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Formats moléculaires: InChI et InChIKey
Nous continuons notre découverte des formats moléculaires utilisés au laboratoire avec InChI, qui correspond à International Chemical Identifier. Il s’agit
Formats moléculaires (chimie)
Ce guide porte sur les formats moléculaires utilisés pour manipuler des petites molécules, plutôt coté chimie. Donc des composés organiques
Modelisations, Topic
Des noms de molécules
Nous avons intérêt à savoir gérer une multitude de petites collections de molécules (ligands, inhibiteurs, substrats …) ce qui est
Comprendre un fichier PDB
La Banque de données PDB (Protein Data Bank) est notre source principale d’obtention de coordonnées structurales (structures 3D) d’enzymes, de
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Formats moléculaires: CML et dérivés
Le format CML (Chemical Markup Language) est un dérivé du XML, donc une approche qui utilise des balises (tags) pour