PDB et dictionnaires de ligands
Dans différents processus il est utile d’avoir une visibilité sur l’ensemble des ligands de la PDB. On parle de dictionnaires […]
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Recherches avancées de ligands dans la PDB
Les fichiers PDB incluent différents types de petites molécules : de l’eau, des ions, des molécules organiques ou inorganiques, qui
DevNote
Raw strings et chaines SMILES
Après la mise à jour sous Python 3.12 tout le monde a vu des messages SyntaxWarning en masse pourtant sur
Collections moléculaires & Chimiothèques
Un guide concernant les collections de molécules, sous différentes formes: inventaires, chimiothèques, ligandothèques, collectes … Ici il s’agit de raisonner
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Un écosystème de formats chimiques
Il existe toute une variété de formats dédiés aux petites molécules organiques, avec différentes finalités : support de dessins (planches,
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Formats moléculaires: SYBYL Mol2 et charges formelles
Nous avons évoqué quelques particularités du format SYBYL Mol2, sans trop insister sur la prise en compte des charges, formelles
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Formats moléculaires: SDF
Ce format ultra-utilisé est un dérivé de MDL Mol, il en reprends les caractéristiques, et l’étend à plusieurs molécules dans
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Formats moléculaires: SYBYL Mol2
Le format Sybyl MOL2 peut être utilisé pour encoder des molécules organiques mais aussi des entités biologiques car il inclue
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Formats moléculaires: MDL Mol
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Exporter à partir d’une table moléculaire
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Formats moléculaires: SMILES
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Gestion astucieuse de tables moléculaires
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Convertisseur scripté CSVM2SDF
Si nous disposons d’une collection moléculaire, implémentée au format CSVM, nous pouvons utiliser un convertisseur CSVM2SDF pour transformer cette CSVM
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Un guide pour la collecte de molécules
Nous allons montrer ici comment réaliser une collecte de molécules, qui s’articule en deux processus: la collecte proprement dite et
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Formats moléculaires: SMILES et radicaux
Dans le système SMILES de représentation de structures chimiques, l’expression d’un radical est assez simple en apparence, il suffit d’encadrer
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Formats moléculaires: InChI et InChIKey
Nous continuons notre découverte des formats moléculaires utilisés au laboratoire avec InChI, qui correspond à International Chemical Identifier. Il s’agit
Formats moléculaires (chimie)
Ce guide porte sur les formats moléculaires utilisés pour manipuler des petites molécules, plutôt coté chimie. Donc des composés organiques
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Des noms de molécules
Nous avons intérêt à savoir gérer une multitude de petites collections de molécules (ligands, inhibiteurs, substrats …) ce qui est
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Formats moléculaires: CML et dérivés
Le format CML (Chemical Markup Language) est un dérivé du XML, donc une approche qui utilise des balises (tags) pour