Maitriser les mises à jour de Python
A partir de 2024, nous avons de plus en plus d’avis de sécurité concernant Python. La plupart du temps il […]
A partir de 2024, nous avons de plus en plus d’avis de sécurité concernant Python. La plupart du temps il […]
Un fichier CCSV (CSV commenté) est défini comme un fichier de type CSV incluant des lignes de commentaires, ces lignes
Les fichiers PDB incluent différents types de petites molécules : de l’eau, des ions, des molécules organiques ou inorganiques, qui
Dans le cas d’un déploiement rapide d’environnements, par exemple (base) et (prod) on progresse rapidement en combinant installation par scripts
L’installation avec Miniforge3 remplace celle qui était faite avec Miniconda3 depuis la modification des ToS d’Anaconda en 2024. Elle est
Depuis la mi-2024 il semble que nous n’ayons plus le droit d’utiliser les paquetages issus de certains canaux d’Anaconda, car
Je ne suis pas utilisateur de la console interactive Python et je préfère un vrai IDE à un notebook comme
Il existe toute une variété de formats dédiés aux petites molécules organiques, avec différentes finalités : support de dessins (planches,
La gestion des noms de résidus est quelque chose qui peut se révéler plus compliqué que prévu si on prends
Nous avons évoqué quelques particularités du format SYBYL Mol2, sans trop insister sur la prise en compte des charges, formelles
Le paquetage buildez.pdb inclue un module fluct.py destiné à quelques mesures élémentaires de fluctuations atomiques dans les structures PDB. Les
Ce format ultra-utilisé est un dérivé de MDL Mol, il en reprends les caractéristiques, et l’étend à plusieurs molécules dans
Cet article montre comment croiser deux requêtes simples de proximité issues des fonctions du module pdb.distance pour créer une requête
Le module pdb.distance fournit des fonctions de base qui analysent les distances entre atomes, groupes d’atomes et résidus. Ces fonctions
Le format Sybyl MOL2 peut être utilisé pour encoder des molécules organiques mais aussi des entités biologiques car il inclue
L’objet de l’article est de détailler les paquetages, des tests de fonctionnement qui correspondent à une installation complète de l’environnement