2. Paquetage Inchi

Le paquetage doit strictement provenir de l’InChI trust [ https://www.inchi-trust.org/oer/ ]. L’intérêt de Inchi est que le format est plus précis que SMILES, le format existe sous deux types de chaines de caractères : inchi (plain) et inchikey (clé). La clé inchi est produite à partir de inchi (plain) par un algorithme de chiffrement (SHA-1 il me semble) et possède la même longueur quelque soit la petite molécule organique, ce qui peut être intéressant pour des bases de données ou des collections moléculaires. Le point négatif est qu’elle ne se lit pas à l’œil (chiffré) comme SMILES.

Paquetage	commandes
inchi (1.05)	mamba install inchi
chemspipy	mamba install chemspipy

Notes d’installation
Il existe un répertoire c:\Python3\envs\prod\library\include\inchi mais le binaire (fichier inchi-1.exe) de inchi est dans c:\Python3\envs\prod\library\bin.

Test PubChem

Dans ces condtions inchi est opérationnel, dans C:\Dev\tests-buildez\test_inchi il y a quelques programmes de test, par exemple pubchem.py qui est un resolver vers PubChem, faisons un essai avec le triclosan :

(prod) C:\Dev\tests-buildez\test_inchi>python pubchem.py Enter a chemical name: triclosan ________________________________________ Select the value below to retrieve ________________________________________               INCHI[0]            INCHIKEY[1]   MOLECULAR FORMULA[2]              SMILES[3]    MOLECULAR WEIGHT[4] ________________________________________ Enter a number choice? 0 InChI=1S/C12H7Cl3O2/c13-7-1-3-11(9(15)5-7)17-12-4-2-8(14)6-10(12)16/h1-6,16H ... Enter a number choice? 1 XEFQLINVKFYRCS-UHFFFAOYSA-N ... Enter a number choice? 2 C12H7Cl3O2 ... Enter a number choice? 3 C1=CC(=C(C=C1Cl)O)OC2=C(C=C(C=C2)Cl)Cl ... Enter a number choice? 4 289.5

Test Chemspider

Il y aussi chemspider.py qui est un resolver vers ChemSpider (le paquetage ChemSpiPy doit être installé).
Il faut également un Token pour utiliser l’API de ChemSpider. Pour l’obtenir il faut aller sur [ https://developer.rsc.org/ ] (Royal Chemical Society) et suivre les étapes, pour sélectionner l’API Compounds V1 (trial) pour 1000 requêtes (gratuites) par mois.

Login or Create an Account / Create an API key / Learn about our SmartDocs / Walkthrough an example API workflow / See how to incorporate APIs in your applications.

Dans ces conditions, le test ChemSpider doit fonctionner :

(prod) C:\Dev\tests-buildez\test_inchi>python chemspider.py Insert your API Token Here: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx insert your smiles string here: C1=CC(=C(C=C1Cl)O)OC2=C(C=C(C=C2)Cl)ClYour InChI is: ------------------------------ InChI=1/C12H7Cl3O2/c13-7-1-3-11(9(15)5-7)17-12-4-2-8(14)6-10(12)16/h1-6,16H

Test Wikipedia

Un exemple de code qui permet d’aller chercher les informations sur une molécule connue dans Wikipedia quand elles existent. Le code wikipedia.py est un resolver vers Wikipedia, le paquetage beautifulsoup (bs4) doit être installé.

(prod) C:\Dev\tests-buildez\test_inchi>python wikipedia.py Put in the name of the chemical you want the InChI for: triclosanWikipedia says the InChI is:InChI=1S/C12H7Cl3O2/c13-7-1-3-11(9(15)5-7)17-12-4-2-8(14)6-10(12)16/h1-6,16H

En principe les paquetages additionnels pour faire ces tests sont déjà installés dans l’environnement (base) et clonés (et updatés) dans l’environnement (prod).