5. Paquetage openbabel

Dans le cas d’openbabel il faut installer l’outil avec l’interface graphique (OpenBabel GUI) pour windows (conversion de formats chimiques) puis le compléter avec une partie des sources, et enfin, installer le paquetage Python avec le canal conda-forge.

Installation préalable de OpenBabel GUI + OpenBabel data
Télécharger la version 3.11-x64 sur [ https://github.com/openbabel/openbabel/releases ] et l’installer dans C:\Local\OpenBabel-3.1.1 et non dans un répertoire système.
Puis il faut télécharger les sources : openbabel-3.1.1-source.tar.bz2 … repérer le répertoire openbabel-3.1.1\dataqui contient des fichiers de paramètres pour les molécules et champs de forces. Copier le répertoire data dans C:\Local\OpenBabel-3.1.1\data car ces données vont être nécessaires à openbabel/pybel et curieusement elles ne sont pas copiées par l’installeur du paquetage dans l’arborescence Python.
Enfin, valider les variables d’environnement BABEL_DATADIR et BABEL_BIN dans le script setvars.bat, puis on peut installer le paquetage openbabel.

Paquetage	commandes
openbabel (3.1.1)	mamba install openbabel

A ce stade, le paquetage buildez.chem.pybel_interface est fonctionnel (v: 1.45 min) sous Win-64, incluant le module pybel_image (v:1.10) qui dépends de oasa. Dans C:\Dev\tests-buildez\test_openbabel on peut également réaliser les tests openbabel01.py et pybel01.py qui doivent donner le même résultat (calcul de la masse moléculaire pour chaque composé d’une librairie SDF de 71 molécules).

(prod) C:\Dev\tests-buildez\test_openbabel>python pybel01.py 5275518 mw=500.545720 5275513 mw=405.242580 9082136 mw=324.373700 ... 9012488 mw=288.298540 9073531 mw=320.774080 7676344 mw=330.785440

Une différence entre OpenBabel et Pybel est que des objets différents sont utilisés pour décrire les molécules, avec des avantages et des inconvénients. Suivant le cas dans les modules de pybel_interface on utilise l’un ou l’autre, le module pybel_obj.py inclue des fonctions de conversion et de fusion des attributs dans des dictionnaires.