Un catalogue pour les outils à finalité recherche que l’on peut installer sur son ordinateur personnel, hors langages informatiques, outils de modélisation et toolkits. Peu de références pour éviter une obsolescence inévitable et parce qu’il existe d’autres listes beaucoup plus riches (cf. Click2Drug ou les articles spécialisés de Wikipedia). Je favorise également les outils libres (ou d’accès libre) et multiplateformes (à minima Windows et Linux-Ubuntu).
Article mis à jour en Mars 2025.
Ne téléchargez jamais les outils sur un site tiers, prenez le temps de suivre la progression des pages sur les sites officiels.
Discovery Studio (DSV) et BIOVIA Draw (sketcher)
Discovery Studio Visualizer (DSV) c’est l’outil de visualisation gratuit (il faudra s’inscrire avec une adresse universitaire) et multiplateforme qui permet de faire plus que de la visualisation et qui est le frontal d’une suite (Discovery Studio) dédiée au drug design. Un outil issu de différentes sociétés (Accelrys) et actuellement un produit Dassault Systèmes. Quand à BIOVIA Draw c’est un outil de dessin de molécules, une alternative à des produits commerciaux type ChemOffice, ChemWindows …
- BIOVIA Discovery Studio Visualizer [ https://www.3ds.com/products/biovia/discovery-studio/visualization ].
- BIOVIA Draw for Academics [ https://discover.3ds.com/biovia-draw-academic ].
A propos ...
- BIOVIA [ https://en.wikipedia.org/wiki/BIOVIA ].
- BIOVIA – Dassault Systèmes [ https://www.3ds.com/products-services/biovia/ ].
- Draw and Edit Chemistry with Ease [ https://www.3ds.com/products/biovia/draw ].
Chemaxon
Les produits Chemaxon sont plébiscités par les chemo informaticiens, et sont multiplateformes. Personnellement, si on doit gérer des listes de molécules et non des planches de molécules (comme un chimiste de synthèse) je n’ai pas trouvé mieux. Bémol le système de licence n’est pas toujours facile à utiliser et il a évolué, il faudra s’inscrire et montrer qu’on a publié avec cet outil pour renouveler les licences. Marvin regroupe plusieurs outils, dont un éditeur chimique (Marvin Sketch) et un viewer de fichiers SDF/SMI (Marvin View). Les deux sont intégrés et donnent accès à des plugins pour le calcul paramétré de descripteurs (indispensable).
- Marvin [ https://www.certara.com/chemaxon/ ].
- JChem for Office [ https://chemaxon.com/products/jchem-for-office ].
- JChem for Office Lite [ https://chemaxon.com/jchem-for-office#JChemforOfficeLite ].
A propos ...
- ChemAxon [ https://en.wikipedia.org/wiki/ChemAxon ].
- Chemaxon [ https://chemaxon.com/ ].
Graphic & plotting
Il s’agit d’outils pour les graphismes scientifiques, qui sont différents de ceux que l’on produit avec un tableur. Origin est l’archétype professionnel dans cette catégorie. Certaines de ses fonctionnalités sont reproduites via plusieurs outils, plus ou moins similaires, multiplateformes, à essayer puis à choisir.
- SciDAVis [ https://scidavis.sourceforge.net/ ].
- LabPlot [ https://labplot.org/ ].
- Alphaplot [ https://alphaplot.sourceforge.io/ ].
- QtiPlot – Data Analysis and Scientific Visualisation [ https://www.qtiplot.com/ ].
A propos ...
- Plot (graphics) [ https://en.wikipedia.org/wiki/Plot_(graphics) ].
- List of information graphics (plotting) software [ https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_information_graphics_software#Plotting_programs_(graphing_programs) ].
- OriginLab [ https://www.originlab.com/ ].
Editeurs de texte, IDEs
Définitivement simples, souvent multiplateformes, pour écrire du texte, programmer, éditer des fichiers de coordonnées moléculaires, une coloration syntaxique étendue, des possibilités de paramétrage … J’utilise essentiellement SciTE, qui encaisse généralement tout ce que je lui donne.
- SciTE [ https://www.scintilla.org/SciTE.html ].
Utiliser le full 64-bit download, SciTE est basé sur Scintilla mais correspond à un éditeur différent..
A propos ...
- SciTE [ https://fr.wikipedia.org/wiki/SciTE ].
- Scintilla & Scite [ https://scintilla.org/ ].
- Editeur de texte [ https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89diteur_de_texte ].
- IDE: Integrated Development Environment [ https://en.wikipedia.org/wiki/Integrated_development_environment ].
UCSF Chimera & Chimera X
Chimera X est le successeur de UCSF Chimera, que j’ai du mal à abandonner pour beaucoup de raisons, malgré une certaine lourdeur de manipulation. Chimera est l’outil indispensable pour aligner des protéines et proposer des plans de coupe pour mettre en évidence un ligand et cofacteur dans le site actif d’une protéine. Peu exploré, mais UCSF Chimera est programmable, on peut ajouter nos codes Python, si toutefois nous comprenons l’API de l’outil pour en exploiter les fonctions (interface et objets biologiques-atomiques manipulés).
- UCSF Chimera [ https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ ].
- UCSF ChimeraX [ https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/ ].
A propos ...
- UCSF Chimera [ https://en.wikipedia.org/wiki/UCSF_Chimera ].
- UCSF Chimera Home Page [ http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ ].
Nb: Liste non exhaustive qui se complète au fur et à mesure des besoins.