Catalogues : Click2Drug

Dans le domaine du drug-design au sens large, il nous reste Click2Drug opéré par l’Institut Suisse de Bioinformatique (Swiss Institute of Bioinformatics). Le catalogue est très exhaustif et recouvre la plupart des outils qu’on connait et beaucoup qu’on découvre. Je ne sais pas si le catalogue est vraiment maintenu à partir de 2018, mais il est encore utile.

Publication initiale sur buildblog.buidez.net (2014) – Article mis à jour en Mars 2025.

Nous pouvons faire une recherche en cliquant sur les éléments de l’image ou sur les items de la liste à gauche.

Click2Drug en 2018 Les résultats sont organisés autour de plusieurs thèmes: Databases Chemical structure representations Molecular Modeling Homology Modeling Binding site prediction Docking Screening Target prediction Ligand design Binding free energy estimation QSAR ADME Toxicity

En fonction d’une recherche, des éléments parmi ces thèmes vont être mobilisés et regroupés. Par exemple une recherche en appuyant sur le bouton Small molecules databases va donner comme résultat:

Dans le premier item on trouve les classiques comme Zinc, ChEMBL, Chemspider, Drugbank, Pubchem, CSD, Ligand Expo, ChEBI … Un autre intérêt de ce catalogue est de faire coexister des ressources qui font partie de mondes différents, j’ai rarement vu un chimiste utilisant intensivement CSD (Cambridge Structural Database) s’intéresser à Drugbank ou Ligand Expo.

Le site inclue aussi une mini encyclopédie de groupe chimiques, que je trouve extrêmement utile pour trouver les noms de familles d’hétérocycles, mais quelle bonne idée ! L’exemple montre le début de la liste pour les hétérocycles azotés, simples (3 à 10 chaînons comme l’azecane) ou composés de plusieurs cycles.

Au passage, le site est proposé au sein d’une interface unifiée avec d’autres outils: SwissDock (docking et une base révisée de complexes protéine ligands), SwissParam (paramétrage de calculs CHARMM/GROMACS), SwissSidechain (acides aminés non naturels), SwissBioisostere (remplacements substructuraux), SwissTargetPrediction (recherche de cibles basé sur un ensemble de composés chimiques et de structures protéiques).

En conclusion, je dirais qu’il y a quelques erreurs (c’est le cas pour Molegro par exemple), inévitablement il n’y a pas tout, mais l’essentiel est la, et cela fait beaucoup si on veut se donner le temps d’exploiter l’ensemble de ces données.