Le paquetage buildez.pdb regroupe toute une série de fonctions qui permettent une manipulation approfondie de fichiers PDB, de manière à les utiliser dans des traitements automatisés et en prenant explicitement en compte les imperfections (courantes) dans les fichiers de coordonnées structurales.
Version 1.2 – Mise à jour avril 2025
- buildez.pdb : module fluct et calculs de fluctuations
Le paquetage buildez.pdb inclue un module fluct.py destiné à quelques mesures élémentaires de fluctuations atomiques dans les structures PDB. Les fonctions correspondantes s’appliquent à des structures parfaitement identiques en séquence ...
- buildez.pdb : intersection de requêtes 3D
Cet article montre comment croiser deux requêtes simples de proximité issues des fonctions du module pdb.distance pour créer une requête de plus haut niveau. Il s’agit de requêtes concernant les résidus ...
- buildez.pdb : module distance
Le module pdb.distance fournit des fonctions de base qui analysent les distances entre atomes, groupes d’atomes et résidus. Ces fonctions peuvent servir de primitives pour construire des requêtes 3D plus ...
- buildez.pdb : module altloc, ligands et exceptions
J’ai déjà décrit des fonctionnalités du module pdb.altloc en ce qui concerne les résidus (acides aminés) standards de protéines. Sauf que d’autres résidus peuvent avoir des conformations alternatives, par exemple ...
- buildez.pdb : module altloc, atomes désordonnés, rotamères
Il arrive que certains atomes dans un fichier PDB soient ‘désordonnés’ (disordered atoms) c’est à dire que leurs coordonnées se présentent sous la forme de deux conformations alternatives A et ...
- buildez.pdb : module connect et topologie des ligands
Le bloc de connectivité à la fin d’un fichier PDB définit la topologie des ligands mais échappe à la matrice pdbm, par définition. Pour autant, il doit être mis à ...
- buildez.pdb: attributions avec le module chain
Il arrive constamment que dans les fichiers PDB, il n’y ait pas de lettre (correspondant à une chaine polypeptidique) attribuée aux ligands ou aux molécules d’eau. Dans ce cas il ...
- buildez.pdb : module chain et ‘pseudo délétions’
Les parseurs qui fonctionnent en ‘positif’ passent sur les partie non résolues des chaines polypeptidiques, alors que nous avons vraiment besoin de cette information. Ce n’est pas le cas du ...
- buildez.pdb : identification de chaines polypeptidiques
Le module pdb.chain est un outil de base qui permet de lire un fichier PDB puis de créer les chaines polypeptidiques correspondantes, sans utiliser la colonne correspondant à la lettre ...
- buildez.pdb : matrice uniq et requêtes en aveugle
Le module residue contient une collection de fonction qui permettent les extractions/sélections des résidus (acides aminés, ligands) que l’on peut trouver dans une structure PDB. Des structures de données telles ...
- buildez.pdb : utilisation d’une liste de résidus
Dans le module pdb.residue nous trouvons également des fonctions qui produisent ou utilisent une reslist, généralement associée à une resmap et à une matrice pdbm. Il s’agit encore d’une simplification ...
- buildez.pdb : la matrice resmap
Une resmap dans le paquetage buildez.pdb est une structure de données qui est utilisée essentiellement pour stocker les noms de résidus d’une structure moléculaire et les informations qui permettent de ...
- buildez.pdb : matrices pdbm et regénération de structures
La finalité initiale du paquetage buildez.pdb est de fournir des outils pour préparer de manière robuste et automatisée des structures d’enzymes. Quand on parle de préparation il s’agit pour une ...
- buildez.pdb : la matrice pdbm
La pdbm (pdb matrix) correspond à une structure de données qui regroupe des lignes ATOM ou HETATM (coordonnées moléculaires) tout en conservant la trace des autres lignes (entête par exemple) ...
- Un module fossile: strpdbm
Les premières versions de buildez.pdb étaient écrites en Perl et utilisaient un ancêtre non typé de la matrice pdbm: la matrice strpdbm (string pdbm matrix), toutes les colonnes de cette ...
- buildez.pdb: travaux en mode string (str, strfilter)
Le paquetage buildez.pdb est spécialisé dans les manipulations de fichiers PDB: nettoyage, filtrage, requêtes, éclatement de chaines ou de ligands etc. L’objectif de cet article est de présenter quelques composants ...
- buildez.pdb et Python 3
Le portage de buildez.pdb vers Python 3 a été terminé tardivement, entre 2023 et 2024, pour des raisons de dépendances vis à vis d’outils et de toolkits chemo-informatiques, comme pour ...
- buildez.pdb : introduction
Le paquetage buildez.pdb regroupe toute une série de fonctions qui permettent une manipulation approfondie de fichiers PDB, de manière à les utiliser dans des traitements automatisés, et sans risques d’erreurs ...
La liste correspond au guide buildez.pdb.
Logs
- Transfert et révisions à partir de buildez.net en cours.