Conteneur de calcul (Molegro)
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buildez.pdb : intersection de requêtes 3D
Cet article montre comment croiser deux requêtes simples de proximité issues des fonctions du module pdb.distance pour créer une requête
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buildez.pdb : module distance
Le module pdb.distance fournit des fonctions de base qui analysent les distances entre atomes, groupes d’atomes et résidus. Ces fonctions
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Formats moléculaires: SYBYL Mol2
Le format Sybyl MOL2 peut être utilisé pour encoder des molécules organiques mais aussi des entités biologiques car il inclue
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Environnement (base) : paquetages (Win-x64)
L’objet de l’article est de détailler les paquetages, des tests de fonctionnement qui correspondent à une installation complète de l’environnement
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buildez.pdb : module altloc, ligands et exceptions
J’ai déjà décrit des fonctionnalités du module pdb.altloc en ce qui concerne les résidus (acides aminés) standards de protéines. Sauf
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CSVM : annotations et surcharges
Une extension du parseur (standard) Python permettent de gérer des annotations (par exemple des lignes de commentaires) portant sur la
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Lancements de calculs par script (Molegro)
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Formats moléculaires: MDL Mol
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Canaux (sources) Conda (win-x64)
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buildez.pdb : module connect et topologie des ligands
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CSVM : interface Python
L’API Python permet une gestion souple et complète des fichiers CSVM, elle est opérationnelle depuis le début des années 2000,
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Exporter à partir d’une table moléculaire
Quelques pistes pour exporter une collection de molécules et de données qui contenue dans un tableur (nous parlerons d’une table
Espace de travail (Molegro)
Les fichiers workspace de Molegro et leur format MVDML ont l’air bien compliqués. En fait il n’en est rien, il
Modelisations
Relativiser les valeurs de RMSD
Cet article donne un éclairage sur la notion de RMSD et relativise son utilisation, qui correspond souvent à l’application systématique
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Fondamentaux de l’analyse de poses
Comment analyser des poses issues d’un protocole d’arrimage moléculaire, sur la base des scores, d’une inspection visuelle et de réseaux
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buildez.pdb: attributions avec le module chain
Il arrive constamment que dans les fichiers PDB, il n’y ait pas de lettre (correspondant à une chaine polypeptidique) attribuée
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Formats moléculaires: SMILES
Une formule développée peut être exprimée sous une forme simple (en apparence) basée sur une chaine de caractères. Les lettres