CSVM : interface Perl
Je n’utilise plus Perl, mais ce langage à servi pour la mise au point d’un premier parseur CSVM opérationnel (module […]
Data, Histoires
Topic
buildez.pdb : module chain et ‘pseudo délétions’
Les parseurs qui fonctionnent en ‘positif’ passent sur les partie non résolues des chaines polypeptidiques, alors que nous avons vraiment
Topic
Validation de l’installation Python (Win-x64)
Une fois que nous avons des environnements installés il faut les tester et les valider, à la fois dans la
Topic
buildez.pdb : identification de chaines polypeptidiques
Le module pdb.chain est un outil de base qui permet de lire un fichier PDB puis de créer les chaines
CSVM : CSVFileView une liseuse presque parfaite
Nirsoft utilities est une source d’outils freeware dédiés à l’administration système sous Windows, mais on y trouve aussi une liseuse
Topic
buildez.pdb : matrice uniq et requêtes en aveugle
Le module residue contient une collection de fonction qui permettent les extractions/sélections des résidus (acides aminés, ligands) que l’on peut
Gestion astucieuse de tables moléculaires
Quelques astuces qui facilitent l’utilisation de tables de molécules sous Microsoft Excel et ChemAxon JChem. Le module JChem permet d’intégrer
Mise en place d’une collection de ligands
Une collection de ligands en vue d’un processus de modélisation moléculaire, cela n’a rien à voir avec une chimiothèque. Il
Topic
Installation et paramétrage des éditeurs (Win-x64)
Les éditeurs de programmation c’est comme les couleurs, au goût de chacun(e) avec des arguments plus ou moins objectifs. Mes
Data
Lecture et édition manuelle de fichiers CSVM
Un fichier CSVM peut être lu/édité avec un éditeur de texte ou un tableur, sous réserve de compatibilité avec les
Topic
Formats moléculaires: décomposition de chaines SMILES
Le format SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry Specification) consiste à décrire les atomes et la connectivité d’une formule développée
Topic
buildez.pdb : utilisation d’une liste de résidus
Dans le module pdb.residue nous trouvons également des fonctions qui produisent ou utilisent une reslist, généralement associée à une resmap
Topic
buildez.pdb : la matrice resmap
Une resmap dans le paquetage buildez.pdb est une structure de données qui est utilisée essentiellement pour stocker les noms de
Topic
Scripts pour les environnements (Win-x64)
Avoir un script de lancement pour fixer les variables d’environnement lié à des outils (pas toujours installés dans des répertoires
Topic
Environnements Python sous Win-x64
Par défaut on pourrait utiliser l’environnement (base) mais c’est une mauvaise idée si on charge trop l’installation par des paquetages
Topic
Catalogues de ressources
Je regroupe ici quelques listes de pointeurs, utiles pour trouver du logiciel, des bases de données … ou pour l’histoire.
Topic
Convertisseur scripté CSVM2SDF
Si nous disposons d’une collection moléculaire, implémentée au format CSVM, nous pouvons utiliser un convertisseur CSVM2SDF pour transformer cette CSVM
Topic
buildez.pdb : matrices pdbm et regénération de structures
La finalité initiale du paquetage buildez.pdb est de fournir des outils pour préparer de manière robuste et automatisée des structures
Topic
Un guide pour la collecte de molécules
Nous allons montrer ici comment réaliser une collecte de molécules, qui s’articule en deux processus: la collecte proprement dite et