buildez.pdb : module altloc, ligands et exceptions
J’ai déjà décrit des fonctionnalités du module pdb.altloc en ce qui concerne les résidus (acides aminés) standards de protéines. Sauf […]
Topic
Data
CSVM : annotations et surcharges
Une extension du parseur (standard) Python permettent de gérer des annotations (par exemple des lignes de commentaires) portant sur la
Modelisations
Lancements de calculs par script (Molegro)
Le fichier script.mvdscript est important pour beaucoup de raisons, la première est que nous pouvons le modifier et lancer des
Topic
Formats moléculaires: MDL Mol
Le format MDL/Mol est un format très utilisé pour les petites molécules organiques telles que des inhibiteurs ou des ligands.
Topic
Canaux (sources) Conda (win-x64)
Avant de se lancer dans les installations il faut comprendre un minimum comment la recherche et le téléchargement des paquetages
Topic
buildez.pdb : module connect et topologie des ligands
Le bloc de connectivité à la fin d’un fichier PDB définit la topologie des ligands mais échappe à la matrice
Data
CSVM : interface Python
L’API Python permet une gestion souple et complète des fichiers CSVM, elle est opérationnelle depuis le début des années 2000,
Topic
Exporter à partir d’une table moléculaire
Quelques pistes pour exporter une collection de molécules et de données qui contenue dans un tableur (nous parlerons d’une table
Espace de travail (Molegro)
Les fichiers workspace de Molegro et leur format MVDML ont l’air bien compliqués. En fait il n’en est rien, il
Modelisations
Relativiser les valeurs de RMSD
Cet article donne un éclairage sur la notion de RMSD et relativise son utilisation, qui correspond souvent à l’application systématique
Modelisations
Fondamentaux de l’analyse de poses
Comment analyser des poses issues d’un protocole d’arrimage moléculaire, sur la base des scores, d’une inspection visuelle et de réseaux
Topic
buildez.pdb: attributions avec le module chain
Il arrive constamment que dans les fichiers PDB, il n’y ait pas de lettre (correspondant à une chaine polypeptidique) attribuée
Topic
Formats moléculaires: SMILES
Une formule développée peut être exprimée sous une forme simple (en apparence) basée sur une chaine de caractères. Les lettres
Data, Histoires
CSVM : interface Perl
Je n’utilise plus Perl, mais ce langage à servi pour la mise au point d’un premier parseur CSVM opérationnel (module
Topic
buildez.pdb : module chain et ‘pseudo délétions’
Les parseurs qui fonctionnent en ‘positif’ passent sur les partie non résolues des chaines polypeptidiques, alors que nous avons vraiment
Topic
Validation de l’installation Python (Win-x64)
Une fois que nous avons des environnements installés il faut les tester et les valider, à la fois dans la
Topic
buildez.pdb : identification de chaines polypeptidiques
Le module pdb.chain est un outil de base qui permet de lire un fichier PDB puis de créer les chaines
CSVM : CSVFileView une liseuse presque parfaite
Nirsoft utilities est une source d’outils freeware dédiés à l’administration système sous Windows, mais on y trouve aussi une liseuse