buildez.pdb : matrice uniq et requêtes en aveugle
Le module residue contient une collection de fonction qui permettent les extractions/sélections des résidus (acides aminés, ligands) que l’on peut […]
Le module residue contient une collection de fonction qui permettent les extractions/sélections des résidus (acides aminés, ligands) que l’on peut […]
Quelques astuces qui facilitent l’utilisation de tables de molécules sous Microsoft Excel et ChemAxon JChem. Le module JChem permet d’intégrer
Une collection de ligands en vue d’un processus de modélisation moléculaire, cela n’a rien à voir avec une chimiothèque. Il
Les éditeurs de programmation c’est comme les couleurs, au goût de chacun(e) avec des arguments plus ou moins objectifs. Mes
Un fichier CSVM peut être lu/édité avec un éditeur de texte ou un tableur, sous réserve de compatibilité avec les
Le format SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry Specification) consiste à décrire les atomes et la connectivité d’une formule développée
Dans le module pdb.residue nous trouvons également des fonctions qui produisent ou utilisent une reslist, généralement associée à une resmap
Une resmap dans le paquetage buildez.pdb est une structure de données qui est utilisée essentiellement pour stocker les noms de
Avoir un script de lancement pour fixer les variables d’environnement lié à des outils (pas toujours installés dans des répertoires
Par défaut on pourrait utiliser l’environnement (base) mais c’est une mauvaise idée si on charge trop l’installation par des paquetages
Je regroupe ici quelques listes de pointeurs, utiles pour trouver du logiciel, des bases de données … ou pour l’histoire.
Si nous disposons d’une collection moléculaire, implémentée au format CSVM, nous pouvons utiliser un convertisseur CSVM2SDF pour transformer cette CSVM
La finalité initiale du paquetage buildez.pdb est de fournir des outils pour préparer de manière robuste et automatisée des structures
Nous allons montrer ici comment réaliser une collecte de molécules, qui s’articule en deux processus: la collecte proprement dite et
Nous allons explorer l’organisation projet Molegro tel que nous le pratiquons, ce qui se traduit par une arborescence type (répertoires
Certains espaces de travail Molegro sont issus d’un processus d’analyse structurale qui va plus loin que la classification structurale nécessaire
À la fin des années 1990, nous avions de nombreux problèmes conceptuels liés aux ensembles de données, brutes ou finalisées.
La pdbm (pdb matrix) correspond à une structure de données qui regroupe des lignes ATOM ou HETATM (coordonnées moléculaires) tout
Dans le système SMILES de représentation de structures chimiques, l’expression d’un radical est assez simple en apparence, il suffit d’encadrer